可以选择自取或邮寄。
港澳通行证，俗称双程证，中国内地居民往来香港或澳门地区，进行旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动前，必须取得内地公安部门签发的港澳通行证，并办理有关来港澳目的签注。
根据大陆居民往来港澳通行证申请中心的规定，自取通行证需要在规定的时间范围内取走，否则将被视作自动放弃申请。因此建议在申请时就确定好取证时间，并按时前往取证。若确有特殊情况需要延迟取证，可提前与申请中心沟通并获得同意。但是需要注意的是，建议不要过多延期，以免影响后续行程安排。
区别是
1、办证的手续不一样，随团游统一由旅行社带参团人到办证处统一办理团队批注、证件。自由行是自已办理证件。
2、出入港澳关口不一样，团队游指定时间整团进出有接待单位中途不得单独离团。个人游按指定时间自由进出关口。