在电影《艋舺》中，和尚要杀蚊子的原因是因为蚊子已经发觉了和尚的秘密，并且不会放弃追究，和尚为了保护自己的秘密和生存，不得不选择对蚊子出手。此外，和尚也对志龙有着超越兄弟情的感情，但他知道志龙并不知道这份情感，因此只能单方面地保护和付出。在这种情况下，如果不出手，死的可能就是和尚自己，因此他最后不得已必须对蚊子出手。

需要注意的是，电影中和尚杀蚊子的情节并不是简单的黑白分明的是非问题，而是涉及到人性的复杂性和生存的残酷性。在这个充满暴力和黑暗的世界里，人们为了保护自己和所爱的人，有时不得不做出一些艰难的选择。