苹果树生长过程中，保留三年的主干枝能够促进果树的健康生长和果实的均匀分布。在果树生长旺盛期，应选择具有较好位置和体积的主干枝，留下三条左右，保持枝条分布的平衡性，并在主干枝上控制侧枝的数量，使得苹果树能够获得充足的阳光和水分，增强摇钱树生命力。
在修剪三年留枝的过程中，应注意将有摇钱树伤害的部位粘上伤口剂，避免病菌感染，同时对长势较弱的枝条进行适当短截处理，刺激生长。
苹果树修剪方法一、疏枝：
9～10月疏除背上过旺过密的枝条及剪口附近的萌条。此时疏枝不易冒条，部分伤口当年就可以愈合。
10月底至11月采果后至落叶前，对树冠郁闭、枝量大的树可分批疏除严重影响光照的大型骨干枝、辅养枝、结果枝组等。疏枝伤口涂抹愈合剂保护。对外围过密的徒长枝疏大留小、疏直留平。对中心干、主枝延长枝有3～4个旺枝的，先疏去1个，冬季再疏去1个、重截1个。
苹果树修剪方法二、拉枝：
一般在9月份进行，此时拉枝开角可避免春季拉枝造成的背上枝过旺、两侧枝弱，以及霜降后拉枝造成的外围枝强而后部枝弱的现象。
拉枝角度主枝80度左右，辅养枝90度左右，一般立地条件好、树势旺的角度要大一些，反之要小一些;纺锤形比小冠疏层形角度可适当大一些。
对1年生枝可先在基部捋拿软化，然后用绳拉到所需角度固定;对多年生不易拉的枝，可先在基部背下连3锯，深达木质部三分之一处，再拉到所需角度，然后用绳固定。
苹果树修剪方法三、短截：
8～9月对秋梢幼嫩部分轻截，或于盲节处短截，可减少养分消耗，有利于养分积累，促花效果显著。
1. 确定树形：在三年生苹果树苗的修剪中，首先要确定树形。常见的苹果树形有主干疏散分层形、自然开心形、主干疏散形等。选择合适的树形有助于提高果树的光照、通风以及果实品质。
2. 确定主枝：主干疏散分层形的苹果树，通常需要确定四个主枝，自然开心形的苹果树需要确定三个主枝。主枝的选择应遵循以下原则：生长旺盛、分枝角度适宜、分布均匀。
3. 修剪副枝：对于主枝上生长过密的副枝，需要进行疏剪，以减少树冠的密度，增加光照。对于生长过弱的副枝，可以进行轻剪，刺激副枝生长。
4. 控制树高：为了保证果树生长良好，需要控制树高在一定范围内。通常苹果树的高度控制在2.5米至3米之间。可以通过修剪副枝、主枝以及树冠顶部来控制树高。
5. 调整枝条分布：修剪时要确保果树主枝、副枝分布均匀，以保证树冠通风良好。对于生长过密的枝条，可以进行疏剪，对于生长过弱的枝条可以进行轻剪，刺激生长。
6. 避免交叉枝：修剪时要避免交叉枝的产生，因为交叉枝会影响果树的光照和通风。对于已经产生的交叉枝，可以进行修剪，调整枝条方向，使其分布均匀。
7. 培养结果枝：对于生长旺盛的副枝，可以进行轻剪，促使副枝形成结果枝。结果枝是苹果树结果的主要部分，因此培养结果枝对于提高果树的产量和品质非常重要。
8. 修剪病虫枝：在修剪过程中，要注意检查果树是否受到病虫害的影响。对于病虫害严重的枝条，要及时进行修剪，防止病虫害蔓延。
9. 保持树冠整洁：在修剪过程中，要保持果树树冠整洁，避免杂草丛生。杂草会影响果树的光照和通风，同时容易滋生病虫害。
10. 修剪工具消毒：在修剪过程中，要注意对修剪工具进行消毒处理，防止病菌、病毒等通过工具传播，影响果树的生长。