在南京的医疗机构住院，包括江苏省人民医院等，其医疗费用的扣除规定主要如下：在一个自然年度内，参保人员在医保定点医疗机构住院发生的符合规定的医疗费用，由统筹基金和个人共同负担。其中，需个人先行支付的部分，由个人先按规定比例自付后，再按照规定的住院保障待遇执行。

例如，如果一位退休参保人员首次在三级医院住院，住院总费用为16000元，那么需要参保人员个人自付、自费的费用为950元。接着计算进入住院基金支付比例的范围内费用个人需负担：（16000元-950元-1000元）×7%=983.5元。这样，个人负担费用总计就是：950元+1000元+983.5元=2933.5元。

此外，针对长期住院患者，存在以“超出住院天数、医保无法报销”等为由，推诿拒收参保患者、强制患者中途出院、短期重复住院等问题。对此，南京市医保局联合市财政局、市卫健委共同出台了《关于完善长期住院患者费用保障等相关举措的意见》进行治理。

还需要注意的是，门诊、门诊特殊病种和住院合用年度救助起付线，起付标准为本市上年居民人均可支配收入的10%，具体标准每年由市医疗保障局、市财政局予以公布。以上信息仅供参考，具体医疗费用扣除规定可能会因医院等因素有所不同，建议向具体的医疗机构咨询获取最准确的信息。